El sustantivo (Nomen) Flecken es femenino en alemán. Por lo tanto, el artículo definido correcto en nominativo singular es die. Así que se dice: die Flecken.
(manchas)
Sustantivos que terminan en -en, -el, -er: Alrededor del 60% de estos sustantivos son masculinos, refiriéndose a menudo a herramientas, personas o elementos naturales
Mehrere kleine, meist unsaubere Stellen auf einer Oberfläche.
Varias manchas pequeñas, generalmente sucias, en una superficie.
Das Kleid hat viele Flecken.
El vestido tiene muchas manchas.